Na FKBV deluje 14 kateder (po abecednem redu):
- Katedra za agrarno ekonomiko in razvoj podeželja
- Katedra za botaniko in fiziologijo rastlin
- Katedra za biosistemsko inženirstvo
- Katedra za ekološko kmetijstvo, poljščine, vrtnine in okrasne rastline
- Katedra za fitomedicino
- Katedra za genetiko
- Katedra za kemijo, agrokemijo in pedologijo
- Katedra za matematične metode, informatiko in statistiko v kmetijstvu
- Katedra za mikrobiologijo, biokemijo, molekularno biologijo in biotehnologijo
- Katedra za sadjarstvo in predelavo sadja
- Katedra za travništvo in pridelovanje krme
- Katedra za vinogradništvo in vinarstvo
- Katedra za tuje strokovne jezike
- Katedra za živinorejo
